本校前為香港仔「聖伯多祿學校」,創辦於一九五八年,位於香港仔聖伯多祿堂之鄰,乃香港仔區歷史悠久的學校之一。一九八八年七月,教育署將鴨洲利東一所設有二十四個課室之新校舍,撥交天主教香港教區管理,本校遂於同年九月一日正式遷入利東繼續教育工作,並定名為「聖伯多祿天主教小學」。

  本校在二零零五年九月遷往香港仔石排灣新校舍,並轉為全日制。校名為「香港仔聖伯多祿天主教小學」。